Danom početka primene ovog zakonika prestaje da važi Zakonik o krivičnom postupku ("Službeni list SRJ", br. 70/01 i 68/02 i "Službeni glasnik RS", br. 58/04, 85/05, 85/05 - dr. zakon, 115/05, 49/07, 20/09 - dr. zakon, 72/09 i 76/10).

Odredbe člana 15a i čl. 15ž do 15m Zakona o organizaciji i nadležnosti državnih organa u suzbijanju organizovanog kriminala, korupcije i drugih posebno teških krivičnih dela ("Službeni glasnik RS", br. 42/02, 27/03, 39/03, 67/03, 29/04, 58/04 - dr. zakon, 45/05, 61/05, 72/09 i 72/11 - dr. zakon) i čl. 13, 13a, 13b, 14, 15. i 16. Zakona o organizaciji i nadležnosti državnih organa u postupku za ratne zločine ("Službeni glasnik RS", br. 67/03, 135/04, 61/05, 101/07 i 104/09), prestaju da važe 15. januara 2012. godine.