Ako je na dan početka primene ovog zakonika bio u toku neki rok, taj rok će se računati po odredbama ovog zakonika, osim ako je prema odredbama Zakonika o krivičnom postupku ("Službeni list SRJ", br. 70/01 i 68/02 i "Službeni glasnik RS", br. 58/04, 85/05, 85/05 - dr. zakon, 115/05, 49/07, 122/08, 20/09 - dr. zakon, 72/09 i 76/10) taj rok bio duži.

Istraga koja je na dan početka primene ovog zakonika u toku, dovršiće se po odredbama Zakonika o krivičnom postupku ("Službeni list SRJ", br. 70/01 i 68/02 i "Službeni glasnik RS", br. 58/04, 85/05, 85/05 - dr. zakon, 115/05, 49/07, 122/08, 20/09 - dr. zakon, 72/09 i 76/10), a dalji tok postupka će se sprovesti po odredbama ovog zakonika.

Zakonitost radnji preduzetih pre početka primene ovog zakonika ocenjivaće se po odredbama Zakonika o krivičnom postupku ("Službeni list SRJ", br. 70/01 i 68/02 i "Službeni glasnik RS", br. 58/04, 85/05, 85/05 - dr. zakon, 115/05, 49/07, 122/08, 20/09 - dr. zakon, 72/09 i 76/10).

Ako je u postupku za krivična dela za koja je posebnim zakonom određeno da postupa javno tužilaštvo posebne nadležnosti, koji je započet po odredbama ovog zakonika, a pre 1. oktobra 2013. godine rešenjem utvrđena nenadležnost posebnog odeljenja nadležnog višeg suda, zakonitost preduzetih radnji ocenjivaće se po odredbama ovog zakonika.

Na lica koja su do dana stupanja na snagu ovog zakona stekla status svedoka saradnika primenjuju se zakonske odredbe o svedoku saradniku koje su važile u vreme dobijanja tog statusa.

Podzakonski propisi predviđeni ovim zakonikom doneće se u roku od šest meseci od dana stupanja na snagu ovog zakonika.

Danom početka primene ovog zakonika prestaje da važi Zakonik o krivičnom postupku ("Službeni list SRJ", br. 70/01 i 68/02 i "Službeni glasnik RS", br. 58/04, 85/05, 85/05 - dr. zakon, 115/05, 49/07, 20/09 - dr. zakon, 72/09 i 76/10).

Odredbe člana 15a i čl. 15ž do 15m Zakona o organizaciji i nadležnosti državnih organa u suzbijanju organizovanog kriminala, korupcije i drugih posebno teških krivičnih dela ("Službeni glasnik RS", br. 42/02, 27/03, 39/03, 67/03, 29/04, 58/04 - dr. zakon, 45/05, 61/05, 72/09 i 72/11 - dr. zakon) i čl. 13, 13a, 13b, 14, 15. i 16. Zakona o organizaciji i nadležnosti državnih organa u postupku za ratne zločine ("Službeni glasnik RS", br. 67/03, 135/04, 61/05, 101/07 i 104/09), prestaju da važe 15. januara 2012. godine.

Ovaj zakonik stupa na snagu osmog dana od dana objavljivanja u "Službenom glasniku Republike Srbije", a primenjuje se od 1. oktobra 2013. godine, izuzev u postupcima za krivična dela za koja je posebnim zakonom određeno da postupa javno tužilaštvo posebne nadležnosti, u kom slučaju se primenjuje od 15. januara 2012. godine.