Zakonitost radnji preduzetih pre početka primene ovog zakonika ocenjivaće se po odredbama Zakonika o krivičnom postupku ("Službeni list SRJ", br. 70/01 i 68/02 i "Službeni glasnik RS", br. 58/04, 85/05, 85/05 - dr. zakon, 115/05, 49/07, 122/08, 20/09 - dr. zakon, 72/09 i 76/10).

Ako je u postupku za krivična dela za koja je posebnim zakonom određeno da postupa javno tužilaštvo posebne nadležnosti, koji je započet po odredbama ovog zakonika, a pre 1. oktobra 2013. godine rešenjem utvrđena nenadležnost posebnog odeljenja nadležnog višeg suda, zakonitost preduzetih radnji ocenjivaće se po odredbama ovog zakonika.