Organ upravljanja vojne visokoškolske ustanove je Savet.
Savet ima ukupno 17 članova, od kojih 11 članova biraju vojne visokoškolske ustanove, tri člana bira Kadetski parlament i tri člana u ime osnivača imenuje Vlada, na predlog Ministarstva odbrane, vodeći računa o uravnoteženoj zastupljenosti oba pola.
Postupak izbora, odnosno imenovanja i razrešenja članova Saveta, način rada Saveta i odlučivanja uređuje se statutom vojne visokoškolske ustanove.
Član Saveta može biti član organa upravljanja samo jedne vojne visokoškolske ustanove.
Mandat članova Saveta traje tri godine i to počev od dana održavanja konstitutivne sednice, osim predstavnicima kadeta i studenata čiji mandat traje jednu godinu, u skladu sa zakonom.
Organ poslovođenja Medicinskog fakulteta Vojnomedicinske akademije je dekan.
Nadležnosti organa poslovođenja iz propisane su opštim aktom vojne visokoškolske ustanove i aktom o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mesta.
Organ poslovođenja iz postavlja nadležni starešina na osnovu propisa kojima je regulisana služba profesionalnih vojnih lica u skladu sa aktom o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mesta iz reda nastavnika vojne visokoškolske ustanove.
Mandat organa poslovođenja traje tri godine, sa mogućnošću jednog ponovnog imenovanja.
, ukoliko ispunjava uslove propisane aktom o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mesta, načelnik Vojne akademije može vršiti i dužnost organa poslovođenja iz
Načelnika Vojne akademije postavlja nadležni starešina u skladu sa propisima kojima je regulisana služba profesionalnih vojnih lica, a njegove nadležnosti propisane su aktom o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mesta.
Načelnik Vojne akademije, u vršenju poslova iz svog delokruga, samostalan je i za svoj rad odgovara nadležnom starešini u skladu sa propisima iz
Senat Univerziteta je najviši stručni organ Univerziteta.
Sastav, delokrug, broj članova, način izbora uz vođenje računa o uravnoteženoj zastupljenosti oba pola, trajanje mandata, kao i način odlučivanja stručnog organa iz
Kadetski parlament Univerziteta je organ kojim kadeti i studenti ostvaruju prava i štite svoje interese na Univerzitetu.
Kadetski parlament Univerziteta ima 15 članova.
Kadetski parlamenti vojnih visokoškolskih ustanova u sastavu Univerziteta, svake godine, tajnim glasanjem, biraju 12 predstavnika Vojne akademije i tri predstavnika Medicinskog fakulteta Vojnomedicinske akademije u Kadetski parlament Univerziteta, vodeći računa o uravnoteženoj zastupljenosti oba pola.
Pored stručnih organa iz vojna visokoškolska ustanova u sastavu Univerziteta ima i Kadetski parlament, kao organ kojim kadeti i studenti ostvaruju prava i štite svoje interese.