Direktor Kancelarije Saveta donosi akt o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mesta, na koji saglasnost daje Vlada, po pribavljenom mišljenju Saveta za nacionalnu bezbednost.

Lice koje radi na poslovima zaštite tajnih podataka može biti zaposleno u Kancelariji Saveta, ako je prošlo posebnu bezbednosnu proveru.

Na radne odnose direktora Kancelarije Saveta, zamenika direktora i zaposlene u Kancelariji Saveta na poslovima zaštite tajnih podataka primenjuju se propisi koji se odnose na radne odnose državnih službenika i nameštenika.

Zbog posebnih uslova rada, složenosti i prirode posla, direktoru Kancelarije Saveta, zameniku direktora i zaposlenima u Kancelariji Saveta na poslovima zaštite podataka, može se uvećati plata do 20% u odnosu na platu državnog službenika i nameštenika čija su radna mesta razvrstana u istoj grupi, odnosno istom zvanju kao i radna mesta državnih službenika i nameštenika koji rade na poslovima zaštite tajnih podataka, u skladu sa aktom Vlade.