Naknada za neposredno zagađivanje voda sastoji se iz dva dela, i to: iz naknade za ukupnu količinu ispuštene otpadne vode koja je usklađena sa propisanim graničnim vrednostima emisija zagađujućih materija (P) i naknade za ispuštanje otpadnih voda u kojima se zagađujuće materije nalaze iznad graničnih vrednosti emisije – GVE (V) za određeni privredni sektor, a obračunava se prema količini (m3) ispuštene otpadne vode i stepenu njenog zagađenja.

Dozvoljeno opterećenje računa se za sledeće parametre: hemijska potrošnja kiseonika (HPK), biohemijska potrošnja kiseonika u toku prvih pet dana kultivacije pod odgovarajućim uslovima (BPK5), ukupan azot (NU), ukupan fosfor (PU), toksični metali (MI).

Izmerena ukupna količina ispuštene otpadne vode na godišnjem nivou ( Q ), utvrđuje se na osnovu podataka o stvarno ispuštenoj količini otpadne vode izmerene na uređaju za kontinualno merenje protoka ispuštene vode u recipijent.

Izuzetno, ukoliko obveznik plaćanja naknade ne vrši merenje količina ispuštenih otpadnih voda ili izmerena količina otpadne vode nije u skladu sa bilansom vode u tehnološkom procesu, Q se utvrđuje na osnovu podataka o količini zahvaćene ili isporučene vode obvezniku.