Autonomija Univerziteta zasniva se na Ustavu Republike Srbije, zakonu kojim se uređuje visoko obrazovanje i u skladu sa ovim zakonom, propisima o odbrani i Vojsci Srbije i pravilima vojne službe zasniva se na:
1)
utvrđivanju studijskih programa, na osnovu potreba sistema odbrane i stručnih profila vidova, rodova i službi Vojske Srbije koje određuju nadležni organi;
2)
predlaganju unutrašnje organizacije, u skladu sa načelima propisanim za unutrašnje uređenje i sistematizaciju formacijskih mesta u Ministarstvu odbrane i Vojsci Srbije;
3)
donošenju statuta i izbor organa upravljanja i drugih organa, u skladu sa ovim zakonom i aktom o osnivanju;
4)
izboru nastavnika i saradnika iz sastava profesionalnih pripadnika Vojske Srbije i van Vojske Srbije njihovo angažovanje u nastavi na osnovu izbora u zvanje i saglasnosti nadležnog starešine;
5)
izdavanju javnih isprava;
6)
raspolaganju finansijskim sredstvima, u skladu sa zakonom, aktom o osnivanju, statutom i opštim aktima Univerziteta;
7)
korišćenju imovine, u skladu sa zakonom, aktom o osnivanju, statutom i opštim aktima Univerziteta;
8)
odlučivanju o prihvatanju projekata i o međunarodnoj saradnji sa stranim visokoškolskim ustanovama, u skladu sa zakonom i međunarodnim ugovorima u oblasti odbrane i vojne saradnje.