Zaštita podataka u Centralnoj evidenciji obezbeđuje se primenom mera informacione bezbednosti i mera zaštite podataka propisanih zakonom kojim se uređuje informaciona bezbednost i zaštita podataka o ličnosti.
Podaci u Centralnoj evidenciji čuvaju se deset godina od dana poslednjeg postupanja/preduzete radnje u odnosu sa žrtvom trgovine ljudima.
Na prava lica u vezi sa obradom podataka o ličnosti i obaveze Centra da omogući njihovo ostvarivanje primenjuju se odredbe zakona kojim se uređuje zaštita podataka o ličnosti.
Podaci iz Centralne evidencije mogu se učiniti dostupnim i drugim nadležnim organima u svrhu obavljanja poslova iz njihove nadležnosti ili kada je to neophodno u svrhu ostvarivanja javnog interesa.
Način vođenja Centralne evidencije i primenu mera zaštite podataka uređuje ministar nadležan za socijalna pitanja.