U vanrednom postupku naplate putarine, putarina se naplaćuje obvezniku za svako odstupanje od redovnog postupka naplate putarine, kao što su: zloupotrebe, oštećenja, gubitak ili upotreba suprotno uputstvima za korišćenje uređaja za elektronsku naplatu putarine, magnetne kartice, gradske karte, dozvole za besplatan prolazak, kao i za neplaćanje računa za putarinu u skladu sa zaključenim ugovorom u „postpejd” sistemu ili putem veb platforme.

U vanrednom postupku naplate putarine, obvezniku će se putarina naplatiti na licu mesta ili naknadno, zavisno od slučaja odstupanja od redovnog postupka naplate putarine.

Postupak, slučajeve u kojima se sprovodi vanredni postupak naplate putarine i način obračuna visine putarine u vanrednom postupku naplate putarine bliže uređuje ministar nadležan za poslove saobraćaja.

U vanrednom postupku naplate putarine najveći iznos koji se može obračunati i naplatiti obvezniku je cena putarine za najdužu relaciju odgovarajuće deonice, uvećana za troškove vanrednog postupka.