Predsednika i članove Upravnog odbora Agencije imenuje Vlada na period od pet godina, sa mogućnošću još dva izbora, i to tri na predlog ministarstva nadležnog za obrazovanje, jednog na predlog ministarstva nadležnog za rad i zapošljavanje i jednog na predlog ministarstva nadležnog za privredu.
U Upravni odbor Agencije može biti imenovano lice koje ispunjava uslove za prijem u radni odnos u državni organ, koje ima visoko obrazovanje, najmanje devet godina radnog iskustva na poslovima iz jedne ili više oblasti iz nadležnosti Agencije i koje nije zaposleno u Agenciji
Član Upravnog odbora Agencije ne može biti lice koje je bilo osuđeno za krivično delo protiv pravnog saobraćaja, protiv službene dužnosti, kao i za drugo krivično delo za koje je zaprećena kazna od pet godina zatvora ili teža kazna, sve dok kazna ne bude brisana po zakonu.
Član Upravnog odbora ne može biti lice izabrano, postavljeno ili imenovano na funkciju u državnom organu, organu autonomne pokrajine ili lokalne samouprave, u organu političke stranke ili na dužnost organa poslovođenja ustanove obrazovanja i vaspitanja, odnosno visokoškolske ustanove, kao ni lice koje je član Saveta za stručno obrazovanje i obrazovanje odraslih, Nacionalnog prosvetnog saveta, Nacionalnog saveta za visoko obrazovanje, Nacionalne službe za zapošljavanje ili na dužnosti organa poslovođenja kod pravnih lica i preduzetnika koje se bave delatnostima obrazovanja.
Vlada razrešava člana Upravnog odbora pre isteka mandata, i to:
1)
na lični zahtev;
2)
ako ne ispunjava dužnosti člana Upravnog odbora, ne ispunjava uslove za imenovanje, ako ne ispunjava obaveze predviđene ovim ili posebnim zakonom ili aktom o osnivanju Agencije ili ako bude osuđen za krivično delo na kaznu zatvora od najmanje šest meseci;
3)
na obrazloženi zahtev ovlašćenog predlagača.
U slučaju razrešenja iz stava 6. ovoga člana, ovlašćeni predlagač će predložiti Vladi novog člana u roku od 30 dana od dana donošenja rešenja o razrešenju, a Vlada će imenovati novog člana na period do isteka mandata Upravnog odbora, u roku od 30 dana od dana dostavljanja predloga ovlašćenog predlagača.