Javna agencija prestaje da radi ako bude ukinuta ili se pravnosnažnom sudskom odlukom utvrdi ništavost njenog upisa u sudski registar.

Javna agencija može biti ukinuta usled prestanka svrhe zbog koje je osnovana ili ako neki drugi organizacioni oblik može delotvornije, racionalnije i ekonomičnije da zadovolji svrhu javne agencije.

Odluku o ukidanju javne agencije donosi osnivač, na osnovu ovlašćenja u posebnom zakonu.