Poslovi državne uprave koji su povereni javnoj agenciji finansiraju se iz budžeta Republike Srbije.

Za finansiranje javne agencije koriste se i sredstva od naplaćene cene usluga javne agencije i vode se na posebnom podračunu javne agencije.

Pokloni, prilozi pokrovitelja javne agencije i drugi prilozi dati osnivaču ili javnoj agenciji prihod su javne agencije, vode se na posebnom podračunu javne agencije i koriste se za razvoj javne agencije.

Višak prihoda nad rashodima javne agencije koristi se za razvoj javne agencije ili se prenosi u budžet Republike Srbije.

O raspodeli viška prihoda odlučuje upravni odbor javne agencije, uz saglasnost osnivača.

Javna agencija odgovara za svoje obaveze svom svojom imovinom.

Osnivač odgovara za obaveze javne agencije ako javna agencija ne može da ispuni obaveze iz svoje imovine ili ako bi ispunjenje obaveza iz imovine javne agencije ozbiljno ugrozilo njen rad.