Pored imenovanja i razrešenja članova upravnog odbora i direktora javne agencije, osnivač daje saglasnosti na godišnji program rada, na finansijski plan javne agencije i na druge akte određene ovim ili posebnim zakonom.

Javna agencija je dužna da pre objavljivanja propisa pribavi od ministarstva u čijem delokrugu su poslovi javne agencije mišljenje o ustavnosti i zakonitosti propisa, a ministarstvo da njoj dostavi obrazloženi predlog kako da propis usaglasi sa Ustavom, zakonom, propisom ili drugim opštim aktom Narodne skupštine i Vlade.

Ako javna agencija ne postupi po predlogu ministarstva, ono je dužno da osnivaču predloži donošenje rešenja o obustavi od izvršenja propisa i na njemu zasnovanih pojedinačnih akata i pokretanje postupka za ocenjivanje ustavnosti i zakonitosti propisa.

Rešenje o obustavi od izvršenja propisa stupa na snagu kad se objavi u "Službenom glasniku Republike Srbije" i prestaje da važi ako osnivač u narednih 15 dana ne pokrene postupak za ocenjivanje ustavnosti i zakonitosti propisa.

Nadzor nad radom javne agencije u poverenim poslovima državne uprave vrši ministarstvo u čijem delokrugu su poslovi javne agencije.

Zakonito i namensko korišćenje sredstava javne agencije i primenu propisa kojima se uređuju javne finansije i finansijsko i računovodstveno poslovanje nadzire ministarstvo nadležno za poslove finansija.

Primenu propisa o službenoj upotrebi jezika i pisma, kancelarijskom poslovanju, poslovanje sa strankama i korisnicima, kao i efikasnost i ažurnost rešavanja u upravnom postupku, stručnu spremu zaposlenih koji rešavaju u upravnom postupku i ovlašćenja za rešavanje u upravnom postupku nadzire ministarstvo nadležno za poslove uprave.

Upravni odbor javne agencije usvaja i do 15. decembra tekuće godine podnosi osnivaču na saglasnost program rada javne agencije za narednu godinu i finansijski plan javne agencije.

Godišnjim programom rada se, saglasno aktu o osnivanju javne agencije, određuju osnovni ciljevi javne agencije za narednu godinu i načini njihovog postizanja.

Godišnji program rada sadrži i predlog mera za delotvorniji rad i ekonomičnije korišćenje sredstava javne agencije.

Posebnim zakonom ili aktom o osnivanju javna agencija može biti obavezana da godišnjim programom rada obuhvati i druga pitanja značajna za njen rad.

Upravni odbor javne agencije usvaja i podnosi osnivaču godišnji izveštaj o radu za proteklu godinu najkasnije do 1. marta tekuće godine.

Osnivač može, saglasno aktu o osnivanju javne agencije, zahtevati da mu upravni odbor javne agencije podnese periodični izveštaj o radu ili izveštaj o izvršenju nekog posla.

Upravni odbor javne agencije usvaja i podnosi osnivaču finansijski izveštaj prema pravilima za podnošenje završnih računa javnih preduzeća.

Ministar nadležan za poslove finansija bliže će urediti način i sadržinu izveštaja o rashodima za zaposlene u javnoj agenciji koji je javna agencija dužna da podnese osnivaču.