Nadzor nad radom javne agencije u poverenim poslovima državne uprave vrši ministarstvo u čijem delokrugu su poslovi javne agencije.

Zakonito i namensko korišćenje sredstava javne agencije i primenu propisa kojima se uređuju javne finansije i finansijsko i računovodstveno poslovanje nadzire ministarstvo nadležno za poslove finansija.

Primenu propisa o službenoj upotrebi jezika i pisma, kancelarijskom poslovanju, poslovanje sa strankama i korisnicima, kao i efikasnost i ažurnost rešavanja u upravnom postupku, stručnu spremu zaposlenih koji rešavaju u upravnom postupku i ovlašćenja za rešavanje u upravnom postupku nadzire ministarstvo nadležno za poslove uprave.