Organi javne agencije jesu upravni odbor i direktor.

Posebnim zakonom može se odrediti da javna agencija ima još neke organe, sasvim druge organe ili da upravni odbor i direktor imaju drukčiji delokrug od delokruga određenog ovim zakonom.

Članovi upravnog odbora i direktor jesu funkcioneri u smislu zakona kojim se uređuje sukob interesa pri vršenju javnih funkcija.

Zabrane i obaveze kojima podležu članovi upravnog odbora i direktor mogu se posebnim zakonom ili aktom o osnivanju javne agencije proširiti mimo zakona kojim se uređuje sukob interesa pri vršenju javnih funkcija.