Zdravstvena delatnost na sekundarnom nivou zdravstvene zaštite u vojnom zdravstvu obuhvata preventivno-medicinsku zaštitu, specijalističko- konsultativnu i bolničku delatnost ovog nivoa zaštite.

Specijalističko-konsultativna delatnost na sekundarnom nivou obuhvata složenije mere i postupke otkrivanja bolesti i povreda, kao i lečenja i rehabilitacije povređenih i obolelih, u odnosu na zdravstvenu delatnost na primarnom nivou.

Bolnička delatnost obuhvata dijagnostiku, lečenje i rehabilitaciju, zdravstvenu negu i smeštaj u bolnicama, kao i apotekarsku delatnost u skladu sa zakonom.