Unutrašnja kontrola VBA, odnosno VOA vrši kontrolu zakonitosti rada i primene ovlašćenja njihovih pripadnika.

Rukovodilac unutrašnje kontrole je neposredno potčinjen direktoru VBA, odnosno VOA kome redovno podnosi izveštaje o radu i o eventualnim zloupotrebama i nepravilnostima u radu VBA ili VOA.

Rukovodilac unutrašnje kontrole je dužan da obavesti generalnog inspektora, a po potrebi i nadležni odbor Narodne skupštine, kada ima saznanja da direktor VBA, odnosno direktor VOA nije otklonio nezakonitost ili nepravilnost u radu koju je utvrdila unutrašnja kontrola.

Na zahtev unutrašnje kontrole, a po odluci direktora VBA, odnosno direktora VOA, pripadnik VBA, odnosno VOA je obavezan da se podvrgne bezbednosnoj proveri, proveri psihofizičke sposobnosti, proveri zdravstvenog stanja, poligrafskom testiranju i drugim proverama.

Način vršenja unutrašnje kontrole VBA, odnosno VOA, kao i druga pitanja od značaja za njen rad uređuje ministar odbrane.