Radom VBA i VOA rukovode direktori koji za svoj rad odgovaraju ministru odbrane.
Direktori VBA i VOA imaju zamenike, koji za svoj rad odgovaraju direktoru.
Direktore VBA i VOA i njihove zamenike postavlja i razrešava predsednik Republike ukazom na predlog ministra odbrane, ako se radi o profesionalnom vojnom licu, odnosno Vlada, na predlog ministra odbrane, u skladu sa zakonom kojim se uređuje položaj državnih službenika.
Direktori VBA i VOA, kao i njihovi zamenici postavljaju se na period od pet godina.
Direktori VBA i VOA i njihovi zamenici ne mogu biti članovi političke stranke, niti obavljati drugu javnu funkciju.
Za direktore VBA i VOA i njihove zamenike može biti postavljeno lice koje je završilo generalštabno usavršavanje i koje ima najmanje devet godina radnog iskustva na obaveštajno-bezbednosnim poslovima u sistemu odbrane.
daje naloge i instrukcije za rad organa i pripadnika agencije;
2)
odgovara za zakonito i stručno funkcionisanje agencije;
3)
odgovara za namensko korišćenje finansijskih i drugih sredstava;
4)
predlaže ministru odbrane plan razvoja, opremanja i godišnji plan rada;
5)
vrši izbor i odlučuje o prijemu i prestanku rada u agenciji, u skladu sa propisanim kriterijumima;
6)
predlaže nadležnom organu oslobađanje pripadnika agencije od obaveze čuvanja tajne;
7)
podnosi izveštaj o radu;
8)
predlaže ministru odbrane donošenje propisa iz nadležnosti agencije;
9)
obavlja i druge poslove i zadatke utvrđene zakonom i podzakonskim aktima.
Direktor VBA, odnosno direktor VOA ili njihovi zamenici mogu, pored uslova utvrđenih zakonom, biti razrešeni i pre isteka vremena na koje su postavljeni, u sledećim slučajevima:
1)
na lični zahtev;
2)
ako trajno izgubi zdravstvenu sposobnost da obavlja svoju dužnost;
3)
kada je osuđen za krivično delo na bezuslovnu kaznu zatvora od najmanje šest meseci ili za kažnjivo delo koje ga čini nedostojnim za vršenje dužnosti;
4)
ako u rukovođenju VBA ili VOA ne postupa u skladu sa Ustavom, zakonom i drugim propisima, prema pravilima struke, savesno, nepristrasno i politički neutralno, čime je prouzrokovano nezakonito i nestručno funkcionisanje agencije.
Predlog za razrešenje direktora VBA, odnosno direktora VOA ili njihovih zamenika podnosi ministar odbrane.
Akta o unutrašnjem uređenju i sistematizaciji VBA i VOA, kao i o načinu njihovog rada, na predlog direktora VBA, odnosno direktora VOA, donosi ministar odbrane, u skladu sa zakonom i drugim propisima.
Akta o unutrašnjem uređenju i sistematizaciji VBA i VOA i način njihovog rada označavaju se odgovarajućim stepenom tajnosti, u skladu sa propisima koji uređuju tajnost podataka.