Organ poslovođenja Nacionalnog akreditacionog tela je direktor.

Direktor se bira i razrešava u skladu sa zakonom, na osnovu javnog konkursa, iz reda redovnih profesora univerziteta koji imaju iskustvo u poslovođenju i obezbeđivanju kvaliteta u visokom obrazovanju i zasniva radni odnos na određeno vreme u Nacionalnom akreditacionom telu.

Direktor se bira na period od pet godina, sa mogućnošću još jednog izbora.