Direktorat izdaje dozvolu za tranzit izvora zračenja, samo uz prethodno pribavljenu saglasnost nadležne institucije države porekla izvora zračenja, države krajnjeg odredišta kao i svih država tranzita.
Nosilac odobrenja za promet izvora zračenja koji poseduje dozvolu za tranzit izvora zračenja je dužan da o prispeću pošiljke obavesti Direktorat najkasnije 72 sata pre očekivanog prispeća pošiljke na granični prelaz.