Disciplinski postupak protiv zaposlenih unutar zavoda vodi upravnik zavoda ili lice koje on ovlasti. Lice koje ovlasti upravnik zavoda mora da bude diplomirani pravnik – master, odnosno diplomirani pravnik. O disciplinskoj odgovornosti odlučuje upravnik. Disciplinski postupak protiv upravnika, zamenika upravnika i zaposlenih u sedištu Uprave vodi disciplinska komisija koju imenuje direktor Uprave. O disciplinskoj odgovornosti odlučuje direktor Uprave, na predlog disciplinske komisije. Protiv prvostepene odluke donete u disciplinskom postupku može se izjaviti žalba ministru nadležnom za poslove pravosuđa, u roku od osam dana od dana prijema odluke.