Zavodom rukovodi upravnik zavoda. Upravnika zavoda, na predlog direktora Uprave, raspoređuje ministar nadležan za poslove pravosuđa. Upravnik zavoda zastupa zavod i odgovoran je za zakonit i pravilan rad u zavodu. Upravnik zavoda može imati zamenika koga, na predlog direktora Uprave, raspoređuje ministar nadležan za poslove pravosuđa. Za upravnika zavoda i zamenika upravnika može biti raspoređeno lice koje ima sedam godina radnog iskustva na poslovima izvršenja krivičnih sankcija, u pravosuđu, advokaturi, vojsci ili policiji posle stečenog visokog obrazovanja na studijama drugog stepena (diplomske akademske studije – master, specijalističke akademske studije, specijalističke strukovne studije), odnosno na osnovnim studijama u trajanju od četiri godine.