Upravom rukovodi direktor Uprave. Direktora Uprave, na predlog ministra nadležnog za poslove pravosuđa, postavlja Vlada, na period od pet godina. Direktor Uprave predstavlja Upravu i odgovoran je za zakonito i pravilno izvršenje krivičnih sankcija u Republici Srbiji. Direktor ima status državnog službenika na položaju. Za direktora Uprave može biti postavljeno lice koje ima visoku školsku spremu i najmanje devet godina radnog iskustva u poslovima izvršenja krivičnih sankcija, pravosuđu ili advokaturi posle stečenog visokog obrazovanja na studijama drugog stepena (diplomske akademske studije – master, specijalističke akademske studije, specijalističke strukovne studije), odnosno na osnovnim studijama u trajanju od četiri godine.