Centrom rukovodi Glavni istražitelj koji ima položaj direktora posebne organizacije.

Glavnog istražitelja postavlja Vlada na pet godina, na predlog predsednika Vlade.

Lice koje se postavlja za glavnog istražitelja mora, pored uslova koji su propisani zakonom kojim se uređuje položaj državnih službenika, da ima i najmanje devet godina radnog iskustva u vazdušnom ili železničkom ili vodnom saobraćaju, od kojih najmanje tri godine radnog iskustva na poslovima u vezi sa bezbednošću u vazdušnom, železničkom ili vodnom saobraćaju i istraživanju nesreća.

Glavni istražitelj ima po jednog pomoćnika - glavnog istražitelja u vazdušnom, glavnog istražitelja u železničkom i glavnog istražitelja u vodnom saobraćaju (u daljem tekstu: pomoćnici glavnog istražitelja).

Pomoćnici glavnog istražitelja moraju, pored uslova koji su propisani zakonom kojim se uređuje rad na položaju državnih službenika, da imaju i najmanje devet godina radnog iskustva u vazdušnom ili železničkom ili vodnom saobraćaju, od kojih najmanje tri godine radnog iskustva na poslovima u vezi sa bezbednošću u vazdušnom, železničkom ili vodnom saobraćaju i istraživanju nesreća.

Centar može da angažuje i odgovarajuća stručna lica, organe, organizacije i odgovarajuća pravna lica za stručnu pomoć, uz određenu naknadu u skladu sa dužinom angažovanja i složenošću poslova.

Glavni istražitelj, pomoćnici glavnog istražitelja za vazdušni, železnički i vodni saobraćaj, svi zaposleni Centra, kao i sva lica uključena u istraživanje nesreća dužni su da čuvaju podatke do kojih dođu u istražnom postupku kao profesionalnu tajnu.