Centar je samostalan u radu i funkcionalno, organizaciono i finansijski nezavisan od svih organa i organizacija nadležnih za vazdušni, železnički i vodni saobraćaj, kao i svih pravnih i fizičkih lica čiji interesi mogu biti suprotni zadacima i ovlašćenjima Centra.

Stručni poslovi koji se odnose na istraživanja nesreća su nezavisni od krivičnih istraga ili drugih paralelnih istraga kojima se utvrđuje odgovornost ili određuje stepen krivice.

Istraživanje i otkrivanje uzroka nesreća nema za cilj utvrđivanje krivične, privrednoprestupne, prekršajne, disciplinske, građanskopravne ili neke druge odgovornosti.

Centar može da sprovodi istražne postupke u saradnji sa nadležnim organima za istraživanje nesreća drugih država u skladu sa ovim zakonom i potvrđenim međunarodnim ugovorima.

Nadležni pravosudni organi koji vode istragu dostavljaju Centru spise i isprave, odnosno njihove kopije, potrebne za vođenje postupka istraživanja nesreća u vazdušnom, železničkom i vodnom saobraćaju, ako se time ne ometa istražni postupak u skladu sa zakonom kojim se uređuje krivični postupak.