Verske obrazovne ustanove imaju organizacionu i programsku autonomiju.

Crkva i verska zajednica samostalno utvrđuje nastavni plan i program, udžbenike i priručnike, postavlja i razrešava nastavno i ostalo osoblje i vrši nadzor nad radom verske obrazovne ustanove.

Verske obrazovne ustanove uključene u sistem obrazovanja dužne su da poštuju uslove i standarde koji važe u sistemu obrazovanja, u skladu sa propisima o obrazovanju.