Ministarstvo će pozvati podnosioca da zahtev dopuni ili ispravi u roku od 30 dana. Ako zahtev u navedenom roku ne bude dopunjen ili ispravljen, Ministarstvo će odbaciti zahtev.
Verska organizacija prijavljena po propisima o udruženjima koja ne podnese zahtev za upis u Registar u roku od jedne godine od dana stupanja na snagu ovog zakona neće se smatrati verskom organizacijom u smislu ovog zakona.
Ministarstvo donosi rešenje o odbijanju zahteva za upis verske organizacije u Registar ako su njeni ciljevi, učenje, obredi ili delovanje suprotni Ustavu i javnom poretku ili ako ugrožavaju život, zdravlje, slobodu i prava drugih, prava dece, pravo na lični i porodični integritet i pravo na imovinu.
Pri donošenju rešenja o zahtevu za upis u Registar Ministarstvo uzima u obzir i odluke Evropskog suda za ljudska prava, kao i upravne ili sudske odluke u pogledu registracije ili delovanja određene verske organizacije u jednoj ili više država članica Evropske unije.
Upisom u Registar verska organizacija stiče svojstvo pravnog lica.