Disciplinski postupak zbog teže povrede službene dužnosti pokreću pomoćnik direktora sektora, rukovodilac organizacione jedinice van sektora i upravnik carinarnice protiv carinskih službenika raspoređenih u organizacionim jedinicama kojima rukovode, dok disciplinski postupak protiv rukovodilaca organizacionih jedinica van sektora i upravnika carinarnice pokreće pomoćnik direktora-koordinator.

Disciplinski postupak može pokrenuti i načelnik Odeljenja za unutrašnju kontrolu u slučajevima koje, na predlog direktora, bliže utvrđuje ministar u aktu kojim se uređuje način sprovođenja disciplinskog postupka.

U svakom slučaju, disciplinski postupak za težu povredu službene dužnosti može pokrenuti i direktor Uprave carina.