Poslove iz nadležnosti Uprave carina obavljaju Centrala Uprave carina i carinarnice.

Centrala obavlja poslove u sedištu Uprave carina preko unutrašnjih organizacionih jedinica.

Carinarnice se osnivaju u većim privrednim i saobraćajnim centrima kada to zahtevaju obim, struktura i tokovi roba u putničkom i robnom prometu sa inostranstvom ili drugi interesi privrede.

Za obavljanje svih ili nekih poslova iz nadležnosti carinarnica osnivaju se kao organizacione jedinice carinarnice odseci, referati, carinske ispostave, carinski referati i carinski punktovi, i mogu biti u sedištu ili izvan sedišta carinarnice.

Vlada može propisati drugačije uslove za organizovanje unutrašnjih jedinica Uprave carina od uslova i načela za unutrašnje uređenje organa državne uprave.

Odluku o osnivanju, početku i prestanku rada carinarnica, carinskih ispostava, odseka i carinskih referata, donosi Vlada na predlog ministra.

Upravom carina rukovodi direktor.

Direktor Uprave carina obezbeđuje koordinaciju rada i jedinstvenu primenu ovog zakona i propisa iz delokruga Uprave carina na celom carinskom području.

Direktor Uprave carina ima više pomoćnika direktora koji rukovode jednom od oblasti rada organa i pomoćnika direktora-koordinatora koji koordiniše rad više povezanih oblasti, pomaže direktoru u radu i zamenjuje ga dok je odsutan.

Radom carinarnice rukovodi upravnik koji je odgovoran direktoru za zakonito i blagovremeno obavljanje poslova iz delokruga rada carinarnice.