Vojnozdravstvenom ustanovom rukovode načelnik vojnozdravstvene ustanove tercijarnog nivoa i upravnik vojnozdravstvene ustanove sekundarnog, odnosno primarnog nivoa.

Vojnozdravstvena ustanova može imati i zamenika načelnika, odnosno zamenika upravnika, u skladu sa aktom o organizaciji i formaciji vojnozdravstvene ustanove.