Prilikom vršenja nadzora zaposleni u Upravi koji se bave poslovima nadzora se legitimišu službenom legitimacijom i značkom.
Posredan nadzor sprovodi se kontrolom dokumentacije koju obveznici dostavljaju Upravi na njen zahtev, odmah, a najkasnije u roku od 15 dana od dana dostavljanja zahteva.
Neposredan nadzor pokreće se i vodi po službenoj dužnosti, a sprovodi se uvidom u poslovne knjige i drugu dokumentaciju obveznika, koji vrše zaposleni u Upravi.
Radi obavljanja nadzora, Uprava sačinjava kontrolne liste, koje objavljuje na zvaničnoj internet stranici Uprave. Sadržaj kontrolnih listi se preispituje najmanje dva puta godišnje.
Na postupak neposrednog nadzora shodno se primenjuje zakon kojim se uređuje inspekcijski nadzor.