Naknadne (ex-post) kontrole se vrše u roku od pet godina od datuma konačne isplate korisniku, s izuzetkom obaveza u okviru mere agro-ekološko-klimatskih aktivnosti, koje se proveravaju isključivo tokom petogodišnjeg perioda u kojem se obaveze sprovode. Sve investicije moraju se kontrolisati najmanje jednom tokom perioda od pet godina.