Radom Posebnog odeljenja rukovodi rukovodilac Posebnog odeljenja (u daljem tekstu: rukovodilac Posebnog odeljenja).

Rukovodioca Posebnog odeljenja postavlja glavni javni tužilac Višeg javnog tužilaštva u Beogradu iz reda javnih tužilaca višeg javnog tužilaštva ili apelacionog javnog tužilaštva. Prilikom postavljenja prednost imaju javni tužioci koji poseduju posebna znanja iz oblasti informatičkih tehnologija.

Rukovodilac Posebnog odeljenja postavlja se na šest godina i ne može biti ponovo postavljen.