Posebna organizacija može imati zamenika direktora, koji za svoj rad odgovara direktoru.
Zamenik direktora pomaže direktoru u okviru ovlašćenja koja mu on odredi i zamenjuje ga dok je odsutan ili sprečen. Direktor ne može ovlastiti zamenika na donošenje propisa.
Zamenika direktora postavlja Vlada na pet godina, na predlog direktora, prema zakonu kojim se uređuje položaj državnih službenika.
, zamenik direktora posebne organizacije može biti nastavnik visokoškolske ustanove u Republici Srbiji, pod uslovom da direktor te posebne organizacije nije istovremeno nastavnik visokoškolske ustanove u Republici Srbiji.