Na unutrašnju organizaciju i sistematizaciju radnih mesta u Agenciji primenjuju se načela za unutrašnju organizaciju i sistematizaciju radnih mesta u ministarstvima i posebnim organizacijama, osim ukoliko obavljanje određenih poslova u Agenciji ne zahteva drugačiji način organizovanja.
Akt o unutrašnjem uređenju i sistematizaciji radnih mesta u Agenciji donosi direktor Agencije, uz prethodnu saglasnost Vlade.
se utvrđuju, naročito, organizacione jedinice, poslovi koji se u njima obavljaju, način rukovođenja, ovlašćenja i odgovornosti rukovodilaca, unutrašnja kontrola i interna revizija, međusobni odnosi organizacionih jedinica, način saradnje Agencije sa drugim organima i organizacijama, podela radnih mesta, vrste radnih mesta, ukupan broj radnih mesta sa nazivom, opis poslova, raspon zvanja, zaštitni režim, status pripadnika, potreban broj izvršilaca i uslovi za svako radno mesto, kao i podaci o stepenu uvećanja staža osiguranja.