Nadzor nad radom Agencije vrši ministarstvo nadležno za poslove privrede.

Agencija najmanje dva puta godišnje podnosi izveštaj o poslovanju ministarstvu nadležnom za poslove privrede koje u roku od 15 dana od dana prijema izveštaja obaveštava Vladu Republike Srbije i organ teritorijalne autonomije.

Vlada podnosi polugodišnji izveštaj o poslovanju Fonda Narodnoj skupštini Republike Srbije.