Organi agencije su: upravni odbor, nadzorni odbor i direktor.

Članove upravnog odbora i nadzornog odbora imenuje i razrešava Vlada Republike Srbije, od kojih najmanje jednog na predlog organa teritorijalne autonomije.

Članovi upravnog i nadzornog odbora, kao i direktor imenuju se na period od četiri godine.