Danom stupanja na snagu ovog zakonika prestaju da važe Osnovni krivični zakon ("Službeni list SFRJ", br. 44/76, 46/77, 34/84, 37/84, 74/87, 57/89, 3/90, 38/90, 45/90 i 54/90, "Službeni list SRJ", br. 35/92, 16/93, 31/93, 37/93, 24/94 i 61/01, "Službeni glasnik RS", broj 39/03) i Krivični zakon Republike Srbije ("Službeni glasnik SRS", br. 26/77, 28/77, 43/77, 20/79, 24/84, 39/86, 51/87, 6/89 i 42/89, "Službeni glasnik RS", br. 21/90, 16/90, 26/91, 75/91, 9/92, 49/92, 51/92, 23/93, 67/93, 47/94, 17/95, 44/98, 10/02, 11/02, 80/02, 39/03 i 67/03);

Danom stupanja na snagu ovog zakonika prestaju da važe krivičnopravne odredbe sadržane u: - čl. 105. i 107. Zakona o izboru narodnih poslanika (" Službeni glasnik RS" , br. 35/00, 57/03 i 18/04); - članu 45. Zakona o zaštiti od jonizujućih zračenja ("Službeni list SRJ", broj 46/96); - članu 3. Zakona o zabrani izgradnje nuklearnih elektrana u SRJ ("Službeni list SRJ", broj 12/95); - članu 92. Zakona o rudarstvu ("Službeni glasnik RS", broj 44/95); - članu 12. Antimonopolskog zakona ("Službeni list SRJ", broj 29/96); - čl. 172. i 174. Zakona o poreskom postupku i poreskoj administraciji ("Službeni glasnik RS", br. 80/02, 84/02, 23/03, 70/03, 55/04 i 61/05); - članu 27. Zakona o sprečavanju pranja novca ("Službeni list SRJ", broj 53/01); - članu 87. Zakona o Narodnoj banci Srbije ("Službeni glasnik RS", br. 72/03 i 55/04); - članu 330. Carinskog zakona ("Službeni glasnik RS", br. 73/03 i 61/05); - čl. 179, 181. i 182. Zakona o stečajnom postupku ("Službeni glasnik RS", broj 84/04); - članu 141. Zakona o lekovima i medicinskim sredstvima ("Službeni glasnik RS", broj 84/04); - članu 24. Zakona o javnom redu i miru ("Službeni glasnik RS", br. 5/92, 53/93, 67/93 i 48/94); - članu 33. Zakona o oružju i municiji ("Službeni glasnik RS", br. 9/92, 53/93, 67/93, 48/94, 44/98 i 39/03); - članu 97. Zakona o igrama na sreću ("Službeni glasnik RS", broj 84/04); - članu 1052. Zakona o pomorskoj i unutrašnjoj plovidbi ("Službeni list SRJ", br. 12/98, 44/99, 74/99 i 73/00); - članu 46a Zakona o trgovini ("Službeni list SRJ", br. 32/93, 41/93, 50/93, 41/94, 29/96 i 37/02); - članu 244. Zakona o tržištu hartija od vrednosti i drugih finansijskih instrumenata ("Službeni list SRJ", broj 65/02 i "Službeni glasnik RS", br. 57/03, 55/04 i 45/05); - članu 31. Zakona o proizvodnji i prometu naoružanja i vojne opreme ("Službeni list SRJ", broj 41/96); - članu 221. Zakona o osiguranju ("Službeni glasnik RS", br. 55/04, 70/04 i 61/05).